Hoofdorgel

Het hoofdorgel van de Adventskerk is in 1970 gebouwd door Gebr. Van Vulpen te Utrecht onder advies van Lambert Erné. Intonateur was Gert van Buuren.
Het instrument is in een neo-barokke stijl gebouwd, zoals destijds gebruikelijk. Het is voor die tijd opvallend grondtoonrijk en beschikt over fraaie registers die zich op veel verschillende manieren laten combineren. Het orgel verdraagt – mede dankzij de uitstekende akoestiek – veel verschillende stijlen, meer dan de dispositie op het eerste gezicht doet vermoeden.

De dispositie luidt:

Bij oplevering waren eerst de Fagot 16’ en de Dulciaan 8’ gereserveerd. Deze registers zijn eind 1976 geplaatst.
Het gebogen frontontwerp is gebaseerd op de ronde vormen van de kerk. Het blinderingswerk boven de pijpenvelden is gemaakt door de Zwitserse kunstenaar Jaennot Bürgi, die hiervoor hout gebruikte dat hij vond in de Rijn. Dit levend materiaal contrasteert met de strakke pijpenvelden.
Het orgel speelt een belangrijke rol bij kerkdiensten, morgengebeden en de Musica Pro-Deo vieringen.
Het is een concertwaardig instrument, waarop geregeld orgelconcerten plaats vinden, soms in afwisseling met andere instrumenten. Op de eerste en derde woensdag van de maand vindt er een lunch-bespeling plaats tussen 12:30 en 13.00.

Kistorgel

Het kistorgel is in 2006 gebouwd door de Belgische orgelbouwer Johan Deblieck in opdracht van de organist Gijs van Schoonhoven. Het werd in 2018 aangekocht voor de Adventskerk.
Het orgel heeft drie registers van alleen houten pijpen. Er is een transpositiemogelijkheid: naast de normale toonhoogte (A= 440 Hz) kan het ook lager of hoger klinken (rep. 390 Hz, 415 HZ, 465 Hz).
De kast is van eikenhout, het binnenwerk van o.a. cederhout. Het orgel staat op wielen en is daardoor het gemakkelijk te transporteren. Het wordt bij niet-gebruik afgedekt met een hoes.
Het instrument wordt vooral gebruikt in de Musica Pro Deo vieringen bij (Bach-)cantates waarbij de afstand tot het hoofdorgel te groot is. Soms wordt het ook ingezet bij concerten.

Vleugel

De kerk beschikt over een Yamaha-vleugel model C3. Het is instrument is gebouwd in 1971, het is door de firma Steenhuis gereviseerd en door de kerk en het GGZ samen aangekocht in 2010. Het wordt geregeld bespeeld tijdens diensten naast of in afwisseling met het orgel. Ook vervult het geregeld een rol bij concerten.